REDIportal數據庫有什么用

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REDIportal數據庫收錄了人類A-to-I類型的RNA編輯位點信息，共有4百多萬個位點，稱得上是最大的RNA編輯位點數據庫，該數據庫完全免費開放，網址如下

http://srv00.recas.ba.infn.it/atlas/index.html

這些RNA編輯位點來源于不同部位，不同組織類型的樣本，各個組織類型的樣本示意如下

從2018年8月開始，該數據庫也開始收錄來自其他物種的RNA編輯位點信息。通過官網的搜索功能，可以方便的檢索數據庫，搜索頁面如下

目前只支持hg19的檢索，可以根據染色體位置和基因名稱進行檢索。

通過location根據RNA編輯位點所在的重復序列信息限定結果，包括Alu, REP, NOREP3種。

Genic Regoin根據所在基因組區域限定結果，包括5'UTR, 3'UTR, Exonic, Intronic, Intergenic5種區域。

AA change根據RNA編輯位點是否造成氨基酸的改變對結果進行限定，包括synonymous, Nonsynonymous, Stop Loss,Unknown4種；Tissue和Body Site分別根據組織類型和取樣部位對結果進行限定。

檢索結果示意如下

和其他數據庫類似，提供了RNA編輯位點的染色體信息，重復序列注釋，基因注釋等信息, 除了這些基本信息外，還提供了和其他數據庫的link, 第一列的U代表UCSC基因組瀏覽器，dbSNP代表NCBI SNP數據庫，如果在位點有對應的SNP信息，用綠色表示，如果沒有則用紅色表示，KnownIn代表其他RNA編輯位點數據庫的鏈接，R代表RADAR, A代表DARNED。

點擊每個RNA編輯位點第一列的藍色箭頭，可以查看詳細的信息，示意如下

對于多個組織中同時檢測到的RNA編輯位點，提供了heatmap和boxplot兩種可視化方式，以便探究其組織特異性，上圖中為heatmap的展現形式，boxplot的展現形式示意如下

點擊右上角的菜單可以導出對應的圖片。Alternative Annotations提供了Refseq和UCSC兩種基因注釋信息，示意如下

Editing Details可以查看該RNA編輯位點對應的樣本數，組織類型等信息，示意如下

點擊下方的藍色按鈕，可以看到具體的數據集，示意如下

相比RADAR和DAREND數據庫，REDIportal數據庫不僅收錄的數量跟多，而且提供的注釋信息也更加的詳盡。

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