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ENCODE轉錄因子靶基因數據庫如何分析，針對這個問題，這篇文章詳細介紹了相對應的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個問題的小伙伴找到更簡單易行的方法。
ENCODE數據庫中包含了許多轉錄因子的chip-seq數據，通過對chip-seq數據進行分析，可以預測得到該轉錄因子對應的靶基因數據。
通過整合多個轉錄因子的分析結果，就可以構建一個轉錄因子靶基因數據庫，網址如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets
該數據庫中包含181種轉錄因子的靶基因數據，每種轉錄因子的靶基因對應一個數據集，示意如下
以轉錄因子ARID3A為例，結果如下
從截圖中也可以看到，雖然chip-seq數據有實驗證據的支持，但是由于peak-calling的假陽性等問題，最終得到的靶基因的數量是非常多的，這其中的假陽性率不言而喻。
該網站的數據不僅可以瀏覽，也可以下載。對于單個轉錄因子的靶基因數據，可以通過如下API進行下載
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/gene_set/ARID3A/ENCODE+Transcription+Factor+Targets
上述鏈接可以下載轉錄因子ARID3A對應的靶基因數據，對于其他的轉錄因子，只需要替換掉對應的TF的名字即可。API返回的是JSON格式的數據，需要一定的編程技巧才可以得到類似excel的文件形式。
對于整個數據庫，可以通過如下API獲得全部轉錄因子對應的數據的鏈接
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets
然后就可以下載到整個數據庫了。整個數據庫中的信息簡單直接，缺點就是假陽性率高。在線檢索功能非常方便，但是下載數據庫的話需要一定的編程技巧進行處理。
關于ENCODE轉錄因子靶基因數據庫如何分析問題的解答就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒有解開，可以關注億速云行業資訊頻道了解更多相關知識。
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