JASPAR數據庫有什么用

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JASPAR是一個免費公開的轉錄因子數據庫，在該數據庫中收錄了轉錄因子的mitif信息，可以用來預測轉錄因子與序列的結合區域。網址如下

http://jaspar.genereg.net/

在該數據庫中，提供了以下9種不同來源和類別的轉錄因子信息

1. JASPAR CORE

該類別下都是從文獻中收集的，有實驗證據支持的真核生物轉錄因子motif信息，而且經過了人工核對，是一個非冗余的，高質量的轉錄因子motif數據庫，所以也是整個數據庫中的核心。

由于其高質量量，非冗余等特性，通常情況下，該類別信息都是我們的第一選擇。每個motif編號以MA開頭，示意如下

2. Collection CNE

該數據集包含了233個調控人類非編碼基因的轉錄因子motif信息，是根據Xie et al. (PNAS 2007)文章中的數據收集整理的，編號以CN開頭，示意如下

3. Collection FAM

該類別下保存的是轉錄因子的類別class信息，多個轉錄因子可以擁有相同的調控序列，將調控序列相同的轉錄因子歸為一類。每個class的編號以MF開頭，示意如下

4. Collection PBM

該類別下是運用體外技術分析了104個小鼠的轉錄因子后得到的motif信息，每個motif編號以PB開頭，示意如下

5. Collection PBM HLH

和PBM類似，只不過該類別下是 C. elegans bHLH的19個轉錄因子的信息，物種不同，該類別下的motif編號以PL開頭，示意如下

6. Collection PBM HOMEO

該類別下包含的是小鼠的轉錄因子motif信息，是從文獻Berger et al (Cell 2008)整理得到的，每個motif編號以PH開頭，示意如下

7. Collection PHYLOFACTS

該類別下分析的是哺乳動物進化保守基因的轉錄因子motif信息，對應的文章為

Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3’ UTRs by comparison of several mammals

每個motif的編號以PF開頭，示意如下

8. Collection POLII

該類別包含的是RNA聚合酶結合區域的motif序列，每個motfi編號以PL開頭，示意如下

9. Collection SPLICE

該類別包含的是human剪切位點的motif序列，數據量很小，一共只有6個motif, 每個motif編號以SA開頭，示意如下

每個collection都是一個小的子集，core 是整合了所有這些子集，從而構建的非冗余數據集。在core數據集中，將物種分層了一下6大類別

通過官網的檢索功能，可以方便的進行檢索，示意圖如下

在檢索出的motif詳情頁面，提供了許多信息，以MA0001.1為例

1.  基本信息

包括名字，編號，類別，對應的物種等信息，示意如下

2. Sequence logo

motif每個bp上堿基的分布，堿基的大小與對應的頻率成正比，頻率越大，對應的字母越大，示意如下

3. position frequency matrix

簡稱PFM, motif每個bp上四種堿基的頻數分布，提供了多種格式的下載，示意如下

4， Binding sites

紅色標識的是motif對應的具體的序列，示意如下

該數據庫提供了下載功能，主要是motif對應的PFM矩陣，示意如下

JASPAR數據庫是免費的，但是相比TRANSFAC數據庫， 還是有很多不足之處，首先就是motif數量的差異，比TRANSFAC數據庫少了許多，其次就是信息的類別上，JASPAR只提供了motif信息，并沒有直接的轉錄因子調控的靶標基因的信息。

通過JASPAR數據庫，我們只能獲取轉錄因子的motif信息，然后通過軟件去預測和DNA序列的結合位點，即TFBS。

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