如何解析IMex和IntAct數據庫

這期內容當中小編將會給大家帶來有關如何解析IMex和IntAct數據庫，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

蛋白質相互作用的數據庫非常的多，比如DIP, MINT, IntAct, BioGRID等，不同數據庫中的信息存在了大量的冗余，而且在不同數據庫之間進行檢索也非常的費力。

為了減少不同數據庫的冗余，最大化提升數據存儲和檢索的效率，由多個數據庫的開發團隊和維護者共同參與成立了一個委員會，名字叫做international molecular exchange consortium, 簡稱IMEx, 該委員會致力于將不同數據庫中的信息合并，減少冗余并提供了一個統一的查詢工具

該委員會的成員示意如下

該項目的地址如下

http://www.imexconsortium.org/

通過官網的檢索框，可以方便的檢索各個成員數據庫中的內容，示意如下

以tp53為例，檢索結果如下

點擊IMEx的鏈接，可以看到如下所示的表格

采用了MITAB格式來展示蛋白質相互作用信息，通過左上角的Download按鈕可以進行下載，通過IMEx的官網，我們可以方便的查詢某個蛋白的相關作用網絡信息的，但是下載數據并不是非常的方便，如果要下載數據，還是要借助IntAct數據庫。

IntAct數據庫是IMEx的成員數據庫之一，目前該數據也整合了IMEx的所有數據，網址如下

https://www.ebi.ac.uk/intact/

在線檢索功能肯定是有的，如下所示，支持多種查詢方式

在檢索結果的頁面，可以自定義展示的列信息，也可以選擇對應的格式進行下載，示意如下

通過Graph按鈕，還可以顯示查詢蛋白的相互作用網絡

和string數據庫相比，IntAct的檢索功能也有其局限性，只適用于查詢單個蛋白的相互作用網絡，無法查詢輸入的多個蛋白之間的相互作用網絡。如果要查詢多個蛋白之間的相互作用網絡，只能自己寫腳本從整個相互作用網絡中提取信息，官網提供了下載功能，示意如下

提供了多種格式的下載，主要有XML和TAB兩種格式， PSI-MI格式就是xml格式的文件，PSI-MI TAB就是\t分隔的文件，TAB格式的內容相對直觀，而XML格式適用于程序處理。

對于蛋白質相互作用網絡而言，String數據庫的使用更加簡單，更加的人性化，所以知名度更高，而IMEx和IntAct的使用有一定的技術門檻，但是可以作為String數據庫的一種補充，能夠得到更加豐富的信息。

上述就是小編為大家分享的如何解析IMex和IntAct數據庫了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。