AmiGO2工具有什么用

這篇文章給大家分享的是有關AmiGO2工具有什么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

GO數據庫的信息是非常龐大的，為了有效的檢索和瀏覽GO數據庫的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的瀏覽，查詢和下載對應信息，官網如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能，采用樹狀結構，提供了GO的層級分類信息，示意圖如下

鼠標單擊某個對應的分類，會彈出如下對話框

點擊Term的鏈接，可以查看該層級下，所有的Gene Ontology 信息，而且可以下載，示意圖如下

通過樹狀瀏覽器，可以方便的根據功能對GO數據庫進行篩選。

search功能，提供了3種數據的查詢方法

1. Annotations

2. Ontology

3. Genes and gene products

   
   

在檢索時，支持不同的篩選條件，而且可以自定義的下載數據。

1. Annotations

該頁面提供了物種的GO注釋信息，頁面如下

在頁面右側的菜單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾

通過Download按鈕可以下載數據。

2. Ontology

該頁面可以對所有Go Tems進行查詢和篩選，示意圖如下

目前共有44997個Go Tems, 在頁面右側的菜單欄，可以根據Ontology source和SubSet進行篩選。

Ontology source 指的是GO的三大類型，通過+將對應的條件添加到篩選條件中，目前，BP共有29682個Go Tems;MF共有11120個GO Terms;CC 共有4195個Go Tems。

Subset 代表Go slim, 指的是Go 數據庫的子集，可以根據研究物種的范圍篩選合適的Go skim。

篩選完成后，可以通過Custom DL下載對應結果，一次最多下載100000條記錄。點擊下載按鈕，首先選擇需要下載的列，這里我選擇如下3列

得到的數據如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process
GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO編號，第二列描述信息，第三列分類，通過這種方式可以方便的得到所有Go Terms的信息。

3. Genes and gene products

該頁面提供了基因產物和GO之間的對應關系，示意如下

在頁面右側的菜單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾

除了以上基本功能外，AmiGO2 還提供了很多實用的小工具，比如Visuzlize功能，可視化的展示某個Go Terms 在整個GO 數據庫中的位置。

在輸入框輸入GO編號就行了，示意結果如下

會畫出輸入的Go Terms到根節點的結構，更多的功能請移步官網。

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