soapdenovo2怎么安裝配置

這篇文章主要介紹“soapdenovo2怎么安裝配置”，在日常操作中，相信很多人在soapdenovo2怎么安裝配置問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”soapdenovo2怎么安裝配置”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

soapdenovo是由華大開發的組裝工具，主要用于動植物基因組等大型基因組的組裝，也可以用于細菌/真菌基因組組裝。對于大型基因組裝而言，需要的硬件資源特別多，建議內存在150G以上。

安裝過程如下

wget https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/r241.tar.gz
tar xzvf r241.tar.gz
cd SOAPdenovo2-r241/
make

編譯成功后，會生成如下3個可執行文件

1. SOAPdenovo-63mer

2. SOAPdenovo-127mer

3. SOAPdenovo-fusion

前2個可執行文件用于組裝, 63mer代表支持的kmer最大長度為63，127mer代表支持的kmer最大長度為127，除了支持的kmer長度不同外，其他用法完全
相同。

SOAPdenovo由以下幾個子命令構成

1. pregraph

2. sparse_pregraph

3. contig

4. map

5. scaff

6. all

   
   

前5個子命令對應了soapdenovo組裝的5個步驟，all命令表示一次執行以上的5個步驟；在組裝時，既可以依次執行每一個步驟，也可以直接使用all命令，一次運行所有步驟。

soapdenovo需要一個配置文件，配置文件分成兩個部分，全局配置和每個文庫的配置。全局配置目前只有一個參數max_rd_len, 如果序列大于該長度，會被切成該長度，然后在分析。

每個文庫的配置以[LIB]開頭，主要指定輸入文件的路徑，支持多種格式的輸入文件，用不同的前綴表示， q代表輸入序列為fastq格式；f代筆輸入序列為fasta格式，b代表輸入文件為bam格式，對于雙端數據，分別用后綴1和2表示R1端和R2端的reads。

除了輸入文件路徑外，還包含以下幾個參數的設置

1. avg_ins
   文庫插入片段的平均長度，在實際設置時，可以參考文庫size分布圖，取峰值即可

2. reverse_seq
   是否需要將序列反向互補，對于pair-end數據，不需要反向互補，設置為0；對于mate-pair數據，需要反向互補，設置為1

3. asm_flags
   1表示只組裝contig. 2表示只組裝scaffold,3表示同時組裝contig和scaffold,4表示只補gap

4. rd_len_cutof
   序列長度閾值，作用和max_rd_len相同，大于該長度的序列會被切除到該長度

5. rank
   設置不同文庫數據的優先級順序，取值范圍為整數，rank值相同的多個文庫，在組裝scaffold時，會同時使用。

6. pair_num_cutoff
   contig或者scaffold之前的最小overlap個數，對于pair-end數據，默認值為3；對于mate-paird數據，默認值為5

7. map_len
   比對長度的最小閾值，對于pair-end數據，默認值為32；對于mate-pair數據，默認值為35

   
   

配置文件示例如下

max_rd_len=100
[LIB]
avg_ins=200
reverse_seq=0
asm_flags=3
rd_len_cutoff=100
rank=1
q1=fastq1_read_1.fq
q2=fastq1_read_2.fq

軟件基本用法如下

SOAPdenovo-63mer all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix

運行成功后，會生成很多文件，其中有兩個文件是組裝的結果，后綴分別為contig和scafSeq，對應contig和scaffold。

到此，關于“soapdenovo2怎么安裝配置”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續學習更多相關知識，請繼續關注億速云網站，小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章！