SSRIT是什么工具

這篇文章給大家分享的是有關SSRIT是什么工具的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

微衛星microsatellite, 又叫做簡單重復序列(simple sequence repeats, SSR)或者短串聯重復序列(short tandem repeats, STR), 指的是以2到10bp的短序列為單位，重復出現多次所構成的DNA序列。

重復的最小單位稱之為motif, 示例如下

agagagagagag

上述片段就是一段SSR序列，motif為ag, 重復出現了6次。

微衛星DNA種類多，分布廣，在基因組中平均50bp就有一個重復序列；在不同種族，不同人群中重復單位和重復次數都大不相同，構成了SSR遺傳多態性。

SSRIT是一款識別簡單重復系列的軟件，官網如下：

http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

該軟件的官網提供了在線服務，用法如下

第一步，選擇motif的最小長度和最小重復次數

參數a用于選擇motif的最小長度，可選范圍為2到10bp; 參數b用于選擇最小重復次數，建議最小重復次數為5以上。

第二步，輸入fasta格式的序列

在文本框中，輸入fasta格式的序列，然后點擊右下角的FIND SSRs提交即可。

輸出結果如下

第一列為SSR區域的ID,由序列標識符和數字編號構成，第二列為Motif的堿基序列，第三列為重復次數，第四列和第五列對應SSR區域的起始和終止位置，第六列為輸入序列的總長度。

也可以下載腳本本地運行，安裝過程如下

wget ftp://ftp.gramene.org/pub/gramene/archives/software/scripts/ssr.pl

該軟件采用perl語言開發，直接下載對應的perl腳本就可以了，這個perl腳本寫的是比較簡陋的，并沒有提供幫助文檔之類的信息。從源代碼可以看出，用法如下

perl ssr.pl input.fasta  > ssr.txt

只需要提供fasta格式的輸入文件就可以了，一次可以提供多個fasta文件，示例文件如下

>seq1
agagattaggatcgatcgcgctctctctctctctctcgatcgagatcgat
ggccatcatcatcatcatcattgagatatagcgcgatatcgagagatctc
agaatagatatcgcgctatagagagatcgagagagagtaga
>seq2
agagataggaatatgagatagcgggggggggggggcgctatacgcgctcg
gagagagatctctctctctcttatagagatcgatcgactagctagatata
agactcactcactcactcactcactcagcgcgat

輸出結果通過重定向保存在ssr.txt文件中，該文件的內容如下

seq1 1 3 cat 6 54 71 141
seq2 1 4 actc 6 103 126 134

輸出內容和在線服務基本一致，第2列和第三列不需要看。需要注意的是，同樣的輸入文件，在線服務識別到了4個SSR區域，而本地版只識別到了2個，這個是因為參數設定不同。

本地版的motif長度和重復序列次數只能通過修改源代碼實現，對應代碼如下

my @specs = ([2,9],  #dinucl. with >= 9 repeats
             [3,6],  #trinucl. with >= 6 repeats
             [4,5]); #tetranucl. with >= 5 repeats

默認情況下，對于2bp的motif, 要求最小重復次數為9次，ct這個motif只出現了8次，所以過濾掉了，如果想要和官網保持一致，可以修改源代碼，然后再次運行就可以了。

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