php 轉化smiles為分子式

近來在使用PHP進行結構式搜索的時候，發現獲取到smiles無法進行查詢操作，然后想到了轉化為分子式的操作。主要是用在有機物。

困難一：我在smiles 上利用正則匹配C,O。遇到了問題就是其他元素也有C字母，所以無法正確去掉C

解決：我只用原來的smiles來分析有機物的組成，然后我按照有機物的結構，單獨找出來C,O的數量，其余元素，簡單統計一下放在后面就好了。主要分為三部分，C數目，O數目,其他元素

實現;1.前臺獲取的smiles，符合相應的規則

    2.php處理

                                        $Cnum='';
					$Onum='';
					//print($smiles."原來的");
					$find=array("=","#",".","1","[","]","(",")");
					$replace = array("");
					$smiles=str_replace($find,$replace,$smiles,$j);
					//print($j);
					//ECHO '/n';
					$ChemElement= array("Li","Be","Na","Mg","Al","Si","Cl","Br","Ca","Cr","Mn","Fe","Co","Ni","Cu","Zn","Ga","Gc","Ag","Au");
					foreach($ChemElement as $value){
						//print($value);
						$k_x=substr_count($smiles,$value);
						if($k_x>0){
							$k_x=$k_x==1?'':$k_x;
							//str_replace($value,'',$smiles);
							$smiles_new.=$value.$k_x;
						}
					}
					$k_c=substr_count($smiles,'C');
					//print('C個數'.$k_c);
					$i_c=preg_match_all('/C[a-z]/m',$smiles);
					//print('非碳個數'.$i_c);
					$j_c=$k_c-$i_c;
					//print_r('碳個數'.$j_c);
					//$smiles=preg_replace('/C[0-9A-Z/.]/m','',$smiles,-1,$count);
					//print($smiles);
					//print('替換次數'.$count);
					$k_o=substr_count($smiles,'O');
					//print('O個數'.$k_o);
					$i_o=preg_match_all('/O[a-z]/m',$smiles);
					//print('非氧個數'.$i_o);
					$j_o=$k_o-$i_o;
					//$smiles=preg_replace('/C[0-9A-Z/.]/m','',$smiles,-1,$count);
					//print($smiles);
					//print('替換次數'.$count);
					if($j_c>0){$j_c=$j_c==1?'':$j_c;$Cnum='C'.$j_c;}
					if($j_o>0){$j_o=$j_o==1?'':$j_o;$Onum='O'.$j_o;}
					$smilesPara = $Cnum.$Onum.$smiles_new;
					

					
結果：基本上可以解決一般意義上的分子式，當然元素我沒有寫全，我認為常用的寫一下就好，本來就是為了搜索，不常見的物質，化學品庫里也沒有。

這里推薦一下 斯芬克斯的PHP搜索引擎，很不錯。