在MyBatis中實現三層嵌套結果集可以通過使用association和collection標簽來定義關聯關系。具體步驟如下：

1. 在Mapper.xml文件中，定義結果集映射關系。例如：

<resultMap id="userResultMap" type="User">
  <id property="id" column="id"/>
  <result property="username" column="username"/>
  <result property="password" column="password"/>
  <association property="department" column="department_id" javaType="Department" select="findDepartmentById"/>
</resultMap>

<resultMap id="departmentResultMap" type="Department">
  <id property="id" column="id"/>
  <result property="name" column="name"/>
  <collection property="users" ofType="User" resultMap="userResultMap"/>
</resultMap>

2. 在User類和Department類中定義相應的屬性和對應的getter和setter方法。

3. 在Mapper接口中定義查詢方法，如findDepartmentById，該方法用于查詢部門信息。

4. 在Mapper.xml文件中，定義查詢部門信息的SQL語句和映射關系，如：

<select id="findDepartmentById" parameterType="int" resultType="Department">
  SELECT * FROM department WHERE id = #{id}
</select>

5. 在需要查詢三層嵌套結果集的地方調用上述查詢方法，例如：

<select id="findAllDepartments" resultMap="departmentResultMap">
  SELECT * FROM department
</select>

這樣就可以實現三層嵌套結果集的查詢。當查詢部門信息時，會自動查詢部門下的所有用戶信息，并且將用戶信息封裝到部門對象中。