在Java中，可以通過以下幾種方式設置文件的編碼格式：

1. 使用InputStreamReader和OutputStreamWriter類來設置文件的編碼格式。這兩個類分別用于將字節流轉換為字符流和將字符流轉換為字節流。可以通過指定字符編碼來創建這兩個類的實例，然后將文件流傳遞給它們進行轉換。

// 設置讀取文件的編碼格式
FileInputStream fis = new FileInputStream("input.txt");
InputStreamReader isr = new InputStreamReader(fis, "UTF-8");
// 設置寫入文件的編碼格式
FileOutputStream fos = new FileOutputStream("output.txt");
OutputStreamWriter osw = new OutputStreamWriter(fos, "UTF-8");

2. 使用File類的setCharset(Charset charset)方法來設置文件的編碼格式。該方法接受一個Charset對象作為參數，可以根據需要選擇合適的字符編碼。

// 設置文件編碼格式為UTF-8
File file = new File("file.txt");
Charset charset = Charset.forName("UTF-8");
file.setCharset(charset);

3. 使用BufferedReader和BufferedWriter類來設置文件的編碼格式。這兩個類分別用于提供緩沖讀取和寫入功能，可以通過創建它們的實例，并指定字符編碼來設置文件的編碼格式。

// 設置讀取文件的編碼格式
FileReader fr = new FileReader("input.txt");
BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
// 設置寫入文件的編碼格式
FileWriter fw = new FileWriter("output.txt");
BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw);

以上是幾種常見的設置文件編碼格式的方式，根據實際需求選擇合適的方法來設置文件的編碼格式。