在Java中打印PDF時，可以通過使用第三方庫來設置密碼來保護PDF文件。例如，可以使用iText庫來創建密碼保護的PDF文件。以下是一個簡單的示例代碼：

import com.itextpdf.text.Document;
import com.itextpdf.text.Paragraph;
import com.itextpdf.text.pdf.PdfWriter;

import java.io.FileOutputStream;

public class PdfPasswordExample {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            Document document = new Document();
            PdfWriter.getInstance(document, new FileOutputStream("output.pdf"));

            // 設置密碼
            PdfWriter writer = PdfWriter.getInstance(document, new FileOutputStream("output.pdf"));
            writer.setEncryption("password".getBytes(), "password".getBytes(), PdfWriter.ALLOW_PRINTING, PdfWriter.STANDARD_ENCRYPTION_128);

            document.open();
            document.add(new Paragraph("Hello, World!"));
            document.close();
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上面的代碼中，我們使用iText庫來創建一個帶有密碼保護的PDF文件。在setEncryption方法中，我們傳入了兩個密碼參數，第一個是用戶密碼，第二個是所有者密碼。第三個參數指定了允許的權限，這里我們設置為允許打印權限。最后一個參數指定了加密級別。

請注意，使用第三方庫進行PDF加密需要遵守相應的許可協議和規定。