Java處理GeoJSON的最佳庫可能是GeoTools。GeoTools是一個開源的Java庫，用于處理地理空間數據，包括GeoJSON格式。它提供了豐富的工具和功能，以方便地讀取、寫入和操作GeoJSON數據。另外，GeoTools也支持其他常見的地理空間數據格式，如Shapefile、KML等，可以很好地滿足地理空間數據處理的需求。因此，如果你需要在Java中處理GeoJSON數據，可以考慮使用GeoTools庫。
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