在Java中，有幾種常見的方法可以停止線程的運行：

1. 使用標志變量：在線程的運行方法中，使用一個標志變量控制線程是否繼續運行。當需要停止線程時，將標志變量設置為false，并在線程中檢查該變量的值，如果為false，則退出線程的運行。

class MyThread extends Thread {
    private volatile boolean flag = true;

    public void stopThread() {
        flag = false;
    }

    @Override
    public void run() {
        while (flag) {
            // 線程運行的代碼
        }
    }
}

2. 使用interrupt()方法：調用線程的interrupt()方法可以中斷線程的運行，并拋出一個InterruptedException異常。在線程的運行方法中，可以使用isInterrupted()方法來檢查線程是否被中斷，在需要停止線程的地方，可以使用interrupt()方法來中斷線程。

class MyThread extends Thread {
    @Override
    public void run() {
        while (!Thread.currentThread().isInterrupted()) {
            // 線程運行的代碼

            if (Thread.currentThread().isInterrupted()) {
                break;
            }
        }
    }
}

3. 使用stop()方法（不推薦使用）：使用stop()方法可以立即停止線程的運行，但是這個方法已經被標記為廢棄的，因為它可能會導致線程的資源不被釋放，或者線程的狀態被破壞，潛在的引發一些問題。所以，不推薦使用stop()方法來停止線程的運行。

Thread thread = new Thread();
thread.stop();

總結起來，推薦使用標志變量或者interrupt()方法來停止線程的運行，而不推薦使用stop()方法。