部署Java應用程序通常包括以下幾個步驟：

1. 編譯Java源代碼：首先，你需要將Java源代碼編譯成字節碼文件（.class文件）。可以使用Java編譯器（javac）來完成這個任務。在命令行中，進入到包含Java源代碼的目錄，然后運行以下命令：

javac YourClassName.java

這將生成一個名為YourClassName.class的字節碼文件。

2. 創建可執行JAR文件：接下來，你需要將編譯后的字節碼文件打包成一個可執行的JAR文件。首先，創建一個名為MANIFEST.MF的清單文件，其中包含主類的信息。例如：

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: your.package.name.YourMainClass

然后，使用jar命令將字節碼文件和MANIFEST.MF文件打包成一個JAR文件：

jar cvmf MANIFEST.MF your-app.jar your/package/name/*.class

這將創建一個名為your-app.jar的可執行JAR文件。

3. 部署JAR文件：將JAR文件部署到目標系統上。你可以將JAR文件復制到目標系統的文件系統中，或者使用遠程部署工具（如SCP、FTP等）將其傳輸到目標系統。

4. 運行Java應用程序：在目標系統上，確保已安裝Java運行時環境（JRE）。然后，在命令行中，導航到包含JAR文件的目錄，并運行以下命令：

java -jar your-app.jar

這將啟動Java應用程序。

5. 配置自動啟動（可選）：如果你希望Java應用程序在目標系統啟動時自動運行，可以將其添加到操作系統的啟動腳本中。具體方法取決于目標系統的操作系統和配置。

6. 監控和日志記錄：部署后，確保監控Java應用程序的性能和資源使用情況。此外，配置日志記錄以捕獲應用程序的運行時信息和錯誤。可以使用Java的內置日志記錄框架（如java.util.logging）或第三方日志記錄庫（如Log4j、SLF4J等）來實現這一點。

7. 更新和維護：隨著時間的推移，你可能需要更新Java應用程序以修復錯誤或添加新功能。在進行更新時，請確保遵循最佳實踐，如備份、測試和逐步推出更改。