在C#中可以通過將兩個MD5值轉換為字符串，然后使用String.Equals方法進行比較。下面是一個示例代碼：

using System;
using System.Security.Cryptography;
using System.Text;

class Program
{
    static void Main()
    {
        string md5Hash1 = GetMD5Hash("Hello");
        string md5Hash2 = GetMD5Hash("World");

        if (md5Hash1.Equals(md5Hash2))
        {
            Console.WriteLine("MD5 values are equal.");
        }
        else
        {
            Console.WriteLine("MD5 values are not equal.");
        }
    }

    static string GetMD5Hash(string input)
    {
        using (MD5 md5 = MD5.Create())
        {
            byte[] inputBytes = Encoding.UTF8.GetBytes(input);
            byte[] hashBytes = md5.ComputeHash(inputBytes);

            StringBuilder sb = new StringBuilder();
            for (int i = 0; i < hashBytes.Length; i++)
            {
                sb.Append(hashBytes[i].ToString("x2"));
            }

            return sb.ToString();
        }
    }
}

在上面的代碼中，我們首先定義了一個GetMD5Hash方法，該方法接受一個字符串作為輸入，并返回對應的MD5值。然后在Main方法中，我們分別計算了字符串"Hello"和"World"的MD5值，并通過String.Equals方法進行比較。最后輸出比較結果。