在C#的Web API中配置Token需要進行以下步驟：

1. 在Web API項目中安裝Microsoft.AspNet.WebApi.Owin和Microsoft.Owin.Security.Jwt NuGet包。

2. 在Web API項目中配置Startup類，該類在項目啟動時會被調用。可以使用以下代碼配置Token驗證。

using Microsoft.AspNet.WebApi.Owin;
using Microsoft.Owin;
using Microsoft.Owin.Security;
using Microsoft.Owin.Security.Jwt;
using Owin;
using System.Configuration;
using System.IdentityModel.Tokens;

[assembly: OwinStartup(typeof(YourProjectNamespace.Startup))]

namespace YourProjectNamespace
{
    public class Startup
    {
        public void Configuration(IAppBuilder appBuilder)
        {
            // 獲取Token的密鑰
            var secretKey = ConfigurationManager.AppSettings["TokenSecret"];

            // 配置Token驗證參數
            var tokenValidationParameters = new TokenValidationParameters
            {
                ValidIssuer = "your_issuer",
                ValidAudience = "your_audience",
                IssuerSigningToken = new BinarySecretSecurityToken(Convert.FromBase64String(secretKey)),
            };

            // 使用Token驗證中間件
            appBuilder.UseJwtBearerAuthentication(new JwtBearerAuthenticationOptions
            {
                AuthenticationMode = AuthenticationMode.Active,
                TokenValidationParameters = tokenValidationParameters
            });

            // 配置Web API路由
            HttpConfiguration configuration = new HttpConfiguration();
            configuration.MapHttpAttributeRoutes();
            appBuilder.UseWebApi(configuration);
        }
    }
}

3. 在Web.config文件中配置Token的密鑰和其他相關配置。

<configuration>
  <appSettings>
    <add key="TokenSecret" value="your_token_secret_key" />
    <!-- 其他配置項 -->
  </appSettings>
  <!-- 其他配置項 -->
</configuration>

其中，TokenSecret是用于簽名和驗證Token的密鑰，可以根據實際需求進行配置。

4. 使用[Authorize]特性來標記需要進行Token驗證的API方法或控制器。

using System.Web.Http;

namespace YourProjectNamespace.Controllers
{
    public class YourController : ApiController
    {
        [Authorize]
        [HttpGet]
        public IHttpActionResult YourApiMethod()
        {
            // Token驗證通過，執行需要授權的操作
            return Ok();
        }
    }
}

上述步驟完成后，Web API將會使用配置的Token驗證來保護需要授權訪問的API方法。