國內最好的虛擬主機缺點有：1、 備案程序繁瑣，審核時間一般是20個工作日左右，且導致備案成功率不高；2、存在國內南北不通的問題，且兩個線路相互之間訪問速度極慢；3、國內主機提供商服務水平良莠不齊，且價格不便宜，存在超售超賣現象。
具體內容如下：
1、 備案程序繁瑣
使用國內的虛擬主機需要向國家信息產業部提交網站的相關信息，域名備案審核時間一般是20個工作日左右，若是在空間域名網絡購買虛擬主機，一般20天左右即可協助域名備案完成，審核成功后才可正常訪問。而且某些類型的網站需要提供的資料很難獲取，導致備案成功率不高，這也是很多站長放棄國內主機的原因。
2、國內南北互聯問題
國內虛擬主機大多數都采用單線或者雙線進行訪問，而國內雙線最大的缺點就是有南北不通的問題，國內電信網通互聯不通，兩個線路相互之間訪問速度極慢，有時還不如訪問國外主機的速度。
3、 國內主機提供商
國內主機魚龍混雜，服務水平也是良莠不齊。幾家大的主機提供商雖然服務很好，但是價格卻不親民。不少中少企業和個人為了節約建站成本，往往會選擇小的主機提供商，但是服務器不穩定，超售超賣現象嚴重也為很多站長所詬病。
